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中藥學院張體操副研究員在Nature Genetics和PNAS發表植物基因組學重要成果
來源:中藥學院 發布日期:2019-12-26 瀏覽次數:  文章字號:   

云中通訊員 張愛麗 孫華英2019年,我校中藥學院張體操副研究員與國內外多家實驗室合作,分別以共同通訊作者和第一作者在國際頂級期刊Nature Genetics(五年平均影響因子5yIF=31.07)和美國科學院院刊PNAS(5yIF=10.60)上發表論文,我校分別為通訊作者單位和第一作者第二單位,實現了高水平論文突破。

栽培草莓(Fragaria x ananassa)被譽為“水果皇后”,是異源八倍體植物(2n=8×=56),其四個亞基因組的來源有很多爭議。Edger認為其二倍體祖先可能是森林草莓、飯沼草莓和另兩種草莓,Liston等認為飯沼草莓占了3/4亞基因組。因此,研究栽培草莓的關鍵在于解析飯沼草莓的基因組。張體操團隊對飯沼草莓進行了全基因組測序,得到240.58Mb序列(Contig N50=10.67Mb)和23665個基因,并利用連鎖圖譜將99.38%序列錨定到7條染色體,是目前全世界組裝效果最好的植物基因組之一。他們還對十余種草莓進行系統進化和Ks等分析,結果支持Edger的推測。該研究于2019年12月16日發表于Nature GeneticsMatters Arising(https://www.nature.com/articles/s41588-019-0544-2)。

圖1 飯沼草莓基因組錨定染色體

2 四種草莓亞基因組Ks分布

另外,張體操團隊還利用高通量測序技術研究西南山區須彌芥的基因組適應性進化,為植物適應極端環境的分子機制提供了新線索,論文于2019年4月發表在PNAS(https://www.pnas.org/content/116/14/7137.long)。

張體操2018年到我校中藥學院工作,該工作得到科技部863青年科學家專項、國家自然科學面上基金、云南省萬人計劃青年拔尖人才等項目的資助。

3 須彌芥基因組分析

責任編輯:陳楠
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